Εγκαινιάστηκε στις 5 Μαΐου 1940 και έκλεισε το 1969, μαζί με τη γραμμή Νέας Ζίχνης - Αμφίπολης Λιμένα. Σκοπός της γραμμής ήταν να μεταφέρονται γρήγορα τα υλικά για την κατασκευή των Οχυρών κατά μήκος των συνόρων (Ρούπελ, Ιστίμπεη κλπ). Κατά τη διάρκεια του πολέμου, η γραμμή βομβαρδίστηκε και μεγάλο μέρος της καταστράφηκε. Διέθετε πλευρική αποβάθρα και γραμμές εναπόθεσης αμαξοστοιχιών, ενώ συνδεόταν με εμπορευματικές γραμμές με τον λιμένα της Αμφίπολης.
Ο σταθμός Αμφίπολης Λιμένα αναφερόταν ανεπίσημα και με το όνομα «Τσάγεζι», από το παλιό (τουρκικό) όνομα της περιοχής Çay ağzı (Τσάι αγζί - Το στόμα του ποταμού - Εκβολές), που εξυπηρετούσε.
Τα τελευταία χρόνια στον προαύλιο χώρο του σιδηροδρομικού σταθμού, λίγα μέτρα από τις όχθες του Στρυμόνα, διπλά στον αρχαιολογικό χώρο με το σωζόμενο τοίχος της αρχαίας Αμφίπολης, πραγματοποιείται το φεστιβάλ της Αμφίπολης.