Στην πολιτική ζωή της Αθήνας εμφανίζεται το 424 π.Χ. όταν εκλέχθηκε στρατηγός κατά το 8ο έτος του πελοποννησιακού πολέμου και στάλθηκε με μοίρα του Αθηναϊκού στόλου να επιβλέπει τα παράλια της Θράκης. Η πιο αξιόλογη πόλη της περιοχής ήταν η Αμφίπολη, στις εκβολές του Στρυμόνα, πολύτιμη για τους Αθηναίους λόγω της στρατηγικής της θέσης. Ο Θουκυδίδης όμως δεν πρόλαβε λόγω άπνοιας των ανέμων να σώσει την πόλη από τον Σπαρτιάτη στρατηγό Βρασίδα, ο οποίος την κατέλαβε αιφνιδιαστικά. Οι Αθηναίοι "έφεραν βαρέως" την απώλεια της Αμφίπολης και τον τιμώρησαν με εξορία για είκοσι χρόνια. Η εξορία έδωσε στον μεγάλο ιστορικό την ευκαιρία να συγκεντρώσει πληροφορίες και να παρακολουθεί τις εξελίξεις του πελοποννησιακού πολέμου. Αποτελέσματα ήταν να δώσει στην ανθρωπότητα ένα "κτήμα αιώνιο", τις "Ιστορίαι του Πελοποννησιακού Πολέμου".
